学校的研究生教育始于2006年，与广西医科大学、暨南大学、广西大学、广西中医药大学、湖南中医药大学、桂林医学院等院校开展联合培养研究生教育，共联合培养博士研究生31人，其中获得博士学位9人；培养硕士研究生112人，毕业并获得硕士学位105人。同时，与湖南中医药大学联合培养博士后，现在站博士后4人。2013年，学校获国务院学位委员会批准成为硕士学位授予单位。目前，拥有基础医学、临床医学2个硕士学位授权一级学科；有临床医学、口腔医学2个硕士专业学位授权点。2017年，学校获批广西壮族自治区博士后创新实践基地。2014年开始独立招生硕士研究生，至2016年9月在校研究生163人，现有全日制在校硕士研究生233人。首届硕士毕业生学位论文校外第三方盲审一次性通过率100%，就业率100%。
| 学科门类
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一级学科名称
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学科代码
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批准年份
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| 医学
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基础医学
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1001
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2013
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| 临床医学
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1002
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2013
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硕士专业学位授权点
| 授权点名称
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专业代码
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批准年份
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| 临床医学
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1051
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2014
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| 口腔医学
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1052
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2014
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研究生学院：http://xkb.ymcn.gx.cn/
