水晶宫足球俱乐部研究生教育始于2006年，先后与暨南大学、湖南中医药大学、广西医科大学、广西中医药大学等多个院校开展联合培养研究生教育；2013年，学校获国务院学位委员会批准成为硕士学位授予单位，2014年起开始独立招收研究生。目前水晶宫足球俱乐部拥有基础医学、临床医学2个一级学科硕士学位授权点，涵盖21个二级学科，拥有临床医学、口腔医学、护理、公共卫生4个类别硕士专业学位授权点，其中基础医学、临床医学是广西一流建设学科和博士点建设学科。截止2020年9月，全日制在校研究生676人，已顺利毕业259人。
硕士专业学位授权点
| 授权点名称
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专业代码
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批准年份
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| 临床医学
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1051
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2014
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| 口腔医学
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1052
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2014
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| 护理
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1054
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2018
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| 公共卫生
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1053
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2020
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研究生学院：http://xkb.ymcn.gx.cn/
